数学科および応用数理学科は,大学院では合同して数学応用数理専攻を構成しています.数学応用数理専攻には,数学科・応用数理学科の教員に加えて,理工学術院内外の数理科学関連の教員が教育および研究指導に参加しており,数理論理学,代数学,幾何学,解析学,現象数理,計算数学,統計科学の7部門にわたって非常に幅広い専門分野をカバーしています.